Vuonna 1835 hän sai 97 ja seuraavana vuonna 73 kirjettä. Sitä seuraavina vuosina luvut olivat 1837 45 kpl, 1838 40 kpl, 1839 48 kpl, 1840 45 kpl, 1841 28 kpl, 1842 18 kpl, 1843 58 kpl, 1844 31 kpl, 1845 54 kpl, 1846 57 kpl, 1847 76 kpl, 1848 66 kpl, 1849 70 kpl, 1850 62 kpl, 1851 48 kpl, 1852 55 kpl ja 1853 52 kpl. Yhteensä Kajaanin aikaan hän siis sai pitkälti yli 1200 kirjettä.
Tietysti osa Lönnrotin kirjeistä oli viranhoitoon kuuluvia virkakirjeitä, mutta suurin osa oli silti keskustelua ystävien, kollegojen, sukulaisten ja tuttavien kanssa. Kirje oli tuohon aikaan ainoa persoonallinen tapa pitää yhteyttä toisilla paikkakunnalla asuviin.
Ohessa näytteitä Lönnrotin kirjeenvaihdosta, jota hän kävi paitsi ruotsiksi ja suomeksi, myös saksaksi ja venäjäksikin. Näytekirjeiksi on valittu suomeksi kirjoitettuja Kainuun tai Lönnrotin sielläoloon liittyviä asioita. Kajaanin aikanaan Lönnrot oli kirjeenvaihdossa Suomen koko sen ajan sivistyneistön parhaimmiston kanssa. Kirjekumppaneita olivat mm. J.W.Snellman, J.L.Runeberg, A.J.Sjögren ja M.A.Castrén.
- 29.09.1831 Johan Fredrik Elfing (osa)
- 29.03.1833 Carl Niklas Keckman
- 19.06.1833 Samuel Roos
- 16.08.1833 J.F.Ticklen
- 08.09.1833 Carl Niklas Keckman
- 10.11.1833 Juhana Wirzén
- 12.01.1834 Samuel Roos
- 01.05.1834 Carl Niklas Keckman
- 07.09.1834 Simon Wilhelm Appelgren
- 20.11.1834 Daniel Skogman
- 06.02.1835 Carl Niklas Keckman
- 24.02.1835 Carl Niklas Keckman
- 09.03.1835 Carl Niklas Keckman
- 27.03.1835 Carl Heinckell
- 12.04.1835 Carl Niklas Keckman
- 08.05.1835 Carl Niklas Keckman
- 18.09.1835 Carl Niklas Keckman
- 06.11.1835 Carl Niklas Keckman
- 10.01.1836 Carl Niklas Keckman
- 25.03.1836 Carl Saxa
- 23.05.1839 Eric Bisi
- 11.10.1839 F.J.Rabbe
- 04.10.1845 Jacob Grimm
- 23.05.1847 Jakov Grot
- 15.08.1847 Jakov Grot
- 07.11.1847 David Emanuel Daniel Eurapaeus
- 16.01.1848 Henrik August Reinholm
- Marianp. 1847 August Engelbrekt Ahlqvist
- 06.05.1850 Rokottajan apulainen H. Ravelin
- 12.06.1852 Fredrik Cygnaeus
Varsinaisten Lääkintöhallitukselle lähettämiensä virkakirjeiden lisäksi Lönnrot laati varsin konkreettisia ohjeita sisältäviä kuulutuksia, joita voidaan pitää sen ajan ennaltaehkäisevänä terveyden huoltona.